ANIMAS – L’outil portugais de surveillance de la faune

Le rôle des animaux sauvages dans l’épidémiologie des maladies

Il est bien connu que la surveillance des maladies des populations d’animaux sauvages est essentielle pour comprendre l’épizootiologie de maladies infectieuses spécifiques et d’infections zoonotiques à l’intérieur des frontières territoriales, et pour protéger la faune sauvage, les animaux domestiques et les populations humaines.

L’importance du rôle des animaux sauvages dans l’épidémiologie des maladies est prise en compte depuis le début du XXe siècle, lorsque des foyers de peste bovine sont apparus en Belgique à cause des ongulés sauvages. Actuellement, la surveillance de la santé des animaux sauvages est un sujet de plus en plus important.

À l’échelle mondiale, tous les pays sont encouragés à développer et à maintenir des programmes de surveillance des maladies de la faune sauvage afin de compléter et de soutenir un programme national de lutte contre les maladies animales. Bientôt, ces programmes de surveillance de la faune sauvage permettront de prouver l’absence ou le statut de maladies importantes sur le territoire. Des programmes efficaces de surveillance des maladies dans les populations vivant en liberté peuvent représenter l’alerte initiale qui aide à la détection précoce des maladies exotiques et “émergentes”.

La plupart des programmes de surveillance des maladies sont généralement des programmes proactifs qui visent à protéger les animaux domestiques et la santé publique, et à soutenir le commerce international des animaux et des produits d’origine animale.

Outre leurs implications en termes de santé publique et d’économie, les épidémies et les mortalités massives chez les animaux sauvages peuvent être des indicateurs efficaces de l’introduction de nouvelles espèces animales, de la pollution locale, des perturbations écologiques, des changements climatiques ou de l’habitat.

Nous allons nous concentrer sur les progrès réalisés au Portugal en matière de surveillance de la faune sauvage, en particulier à la suite de l’expansion de la peste porcine africaine en Europe. Le Portugal a adopté plusieurs procédures pour prévenir la maladie, notamment en renforçant la surveillance et la détection précoce des sangliers morts. Les autorités nationales chargées de la santé animale et des ressources cynégétiques ont élaboré et mis en œuvre l’application pour la notification immédiate de la mortalité des animaux sauvages (ANIMAS), ainsi que des procédures spécifiques concernant les sangliers trouvés morts, y compris le dépistage systématique de la peste porcine africaine. ANIMAS identifie la nécessité de prélever des échantillons sur les animaux trouvés morts et de prendre les mesures qui s’imposent.

ANIMAS[1] est un outil de science citoyenne, facile à utiliser et à accéder (en ligne ou via un téléphone portable). Il est essentiel pour favoriser la communication et doit être utilisé par tous ceux qui sont fréquemment en contact avec la faune sauvage. Elle vise à signaler les mammifères, oiseaux, reptiles, amphibiens et poissons morts, et a été mise en place en septembre 2021. Grâce à cette application, les utilisateurs peuvent suivre toutes les notifications faites au Portugal sur une carte, en temps réel, et les détails des informations dépendent du type de profil attribué.

Bien qu’ANIMAS ait été initialement conçu pour la surveillance de la peste porcine africaine par la notification des sangliers morts, il est rapidement apparu nécessaire de couvrir toutes les autres espèces sauvages pour la surveillance d’autres maladies ou situations pertinentes.

Les informations enregistrées par ANIMAS sont les coordonnées géographiques, l’espèce, le sexe, la tranche d’âge, l’état de conservation de la carcasse, la présence d’autres animaux morts de la même espèce, ainsi qu’une ou plusieurs photographies de l’animal (ou des animaux) [Figure 1]. Ensuite, lors du traitement des données collectées, les services vétérinaires officiels déterminent si des échantillons ont été prélevés lors de cet événement de mortalité. Au niveau central, les données des notifications sont traitées et analysées, et des rapports de synthèse réguliers sur la mortalité de la faune sauvage sont disponibles sur le site web de la Direction générale de l’alimentation et des affaires vétérinaires[2].

Certaines priorités concernant les maladies à surveiller/évaluer ont été définies et, jusqu’à présent, des procédures internes spécifiques ont été développées pour les sangliers, les cervidés et les espèces cibles d’oiseaux sauvages. Les priorités et/ou les maladies sont mises à jour chaque fois que nécessaire.

En cas de sangliers morts, après notification, les services vétérinaires régionaux enquêtent sur la suspicion pour confirmer ou exclure la présence de la peste porcine africaine, en prélevant des échantillons pour des tests virologiques [Figure 2]. Dans la mesure du possible, les sangliers morts sont également testés pour la peste porcine classique.

L’application ANIMAS a également contribué à la surveillance de la maladie du dépérissement chronique chez les cervidés [Figure 3] et de l’influenza aviaire hautement pathogène chez les oiseaux sauvages.

En 2024, il est prévu d’utiliser les notifications ANIMAS pour mettre en œuvre un plan de surveillance des carnivores sauvages, et l’application sera également utilisée comme outil pour améliorer la surveillance passive des lapins de garenne, dans le cadre du projet LIFE Iberconejo. En outre, de nouveaux développements sont actuellement apportés à l’application qui permettra bientôt de notifier les animaux sauvages vivants présentant des signes cliniques.

Au cours de la première année d’utilisation de l’application, des résultats précieux ont été obtenus et devraient être améliorés de manière significative dans les années à venir. Jusqu’au 31 décembre 2023, ces réalisations sont représentées par 1103 utilisateurs actifs dans ANIMAS, dont la majorité (77%) sont classés comme “public”, et 544 cas de mortalité d’animaux sauvages ont été enregistrés sur l’application dans la partie continentale du Portugal [Figure 4], la plupart concernant des mammifères [Figure 5]. Dans ce groupe (n=409), les mustélidés, les renards et les sangliers représentaient respectivement 25 %, 23 % et 19 % des mammifères morts notifiés.

En ce qui concerne les oiseaux, les espèces les plus rapportées sont les goélands [Figure 6], correspondant à 19% des événements de ce groupe, suivis par les cigognes blanches et les canards colverts, correspondant chacun à 9% des notifications concernant les oiseaux.

Les serpents (46%) et les lézards des murailles (23%) étaient les espèces les plus fréquentes dans le groupe des reptiles, tandis que les salamandres et les crapauds étaient les seules espèces d’amphibiens notifiées.

La plupart des événements de mortalité ont été enregistrés par le public (54%), suivi par le personnel de l’administration centrale (21%) [Figure 7]. Pour une grande partie des cas de décès (n=245), il n’a pas été possible de déterminer une cause probable de décès, tandis que pour les autres événements, les accidents de la route ont été la cause probable de décès la plus fréquente, en particulier pour les mammifères (56%) et les reptiles (77%) [Figure 8], et les maladies infectieuses semblent être la cause probable dans 26% des événements de mortalité chez les oiseaux [Tableau 1]. Presque toutes les mortalités chez les mammifères (97%) étaient représentées par un seul animal mort ; tandis que 28% des mortalités chez les oiseaux étaient représentées par plusieurs oiseaux morts de la même espèce [Tableau 2].

En ce qui concerne les sangliers, 79 événements de mortalité ont été signalés, dont 90 animaux morts, parmi lesquels 49 ont été testés pour la peste porcine africaine et 26 pour la peste porcine classique, toujours avec des résultats négatifs [figure 9].

Grâce à l’utilisation de l’application et aux procédures mises en œuvre, il a été possible de réduire le délai entre la notification des sangliers morts et la collecte des échantillons. Le délai moyen de prélèvement est passé de 0,8 jour [0-7] en 2022 à 0,3 jour [0-2] en 2023.

En conclusion, l’utilisation d’ANIMAS a contribué à améliorer la surveillance et la détection précoce de différentes espèces animales sauvages. Cependant, il est encore nécessaire d’améliorer la diffusion et les campagnes de sensibilisation pour motiver, engager et accroître la participation des citoyens.

ANIMAS, combiné aux campagnes de sensibilisation à la peste porcine africaine, a fortement augmenté le nombre de sangliers morts signalés et, par conséquent, le nombre d’animaux testés pour la peste porcine africaine. ANIMAS a renforcé la surveillance de l’influenza aviaire hautement pathogène en signalant des cas de mortalité inhabituels chez des espèces cibles d’oiseaux sauvages. Enfin, les cervidés morts signalés par ANIMAS ont permis la surveillance de la maladie du dépérissement chronique.

Dans un avenir proche, ANIMAS communiquera par webservice avec un système d’information plus large, qui englobe toute la gestion de la surveillance de la faune sauvage (passive et active) et les situations d’urgence et de contingence.

Tableau 1 – Causes probables de mortalité

 MammalsBirdsReptilesAmphibiansFishTotal
Accident de la route23151730256
Maladie infectieuse présumée02700027
Electrocution050005
Soupçon d’empoisonnement310004
Prédation300003
Braconnage200002
Famine/déshydratation100001
Noyade010001
N.d.16965551245
Total4091042281544

Table 2 – Events with a single dead animal vs. events with several dead animals

 MammalsBirdsReptilesAmphibiansFishTotal
Un seul animal mort396752271501
Plusieurs animaux morts132901043
Total4091042281544

Figure 1 – Formulaire de déclaration de mortalité d’ANIMAS

Figure 2 – Événement de mortalité avec plusieurs sangliers morts et échantillonnage dans la région de l’Alentejo

Figure 3 – Événements de mortalité chez les cervidés

Figure 4 – Répartition spatiale des événements de mortalité de la faune sauvage dans ANIMAS

Figure 5 – Événements de mortalité de la faune sauvage enregistrés dans ANIMAS (n=544)

Figure 6 – Mortalité des oiseaux avec plusieurs goélands morts dans l’estuaire du Tage

Figure 7 – Notifications d’événements de mortalité d’animaux sauvages par type d’utilisateur

Figure 8 – Road kills: j Wild boar (Sus scrofa), k European polecat (Mustela putorius), l Red fox (Vulpes vulpes), m Western Montpellier snake (Malpolon monspessulanus), n Beech marten (martes foina), o Eurasian otter (Lutra lutra), p Egyptian mongoose (Herpestes ichneumon)

Figure 9 – Mortalité des sangliers et surveillance

[1] https://animas.icnf.pt

[2] https://sway.cloud.microsoft/8Ftt1Ut2jWcSHDML?ref=Link

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